Se construyó entre 1558 y 1570 a expensas de la condesa de Niebla y regente de los estados de la casa de Medina Sidonia, Leonor Manrique de Sotomayor y Zúñiga que, junto con su esposo, el Conde de Niebla, Don Juan Pérez de Guzmán, están enterrados en el presbiterio del templo.

Según consta en un documento fechado en 1564, sus trazas fueron diseñadas por Hemán Ruíz II y las obras fueron dirigidas por Francisco Rodríguez Cumplido, maestro mayor de los duques, y por Francisco de Carona.