Foto: © José Mª. Collantes González

La segunda etapa del edificio se corresponde con su transformación en santuario cristiano, producida a mediados del siglo XIII y vinculada a la conquista castellana de la zona por Alfonso X entre los años 1257 y 1260. La ocupación alfonsí estaba ligada a la elección del lugar -magníficamente situado- como punto defensivo de toda la comarca y centro de aprovisionamiento de la flota castellana para sus expediciones.

Todos estos acontecimientos fueron narrados con matices poéticos en las Cantigas de Santa María, en las que también se menciona la reconstrucción del santuario, concluido en torno a 1268-1270. Unos años después debió sufrir remodelaciones al tiempo que se rodeaba a la ciudad de muralla. Posiblemente en 1272 se instaló en él la Orden de Santa María de España.