La romanización aparece en la campiña y en la costa, con alfares de ánforas, villas agrícolas y necrópolis rurales, como la de Las Viñas, del s. I al IV d.C.

La cultura visigoda se presenta en los hallazgos de la finca El Barranco, con restos de necrópolis y hábitat.

De época medieval, el Museo cuenta con restos de alquerías árabes de los siglos XII y XIII.

Desde el s. XVI al XIX, los fondos arqueológicos reflejan las relaciones comerciales de El Puerto con América.

Actividades formativas y divulgativas del Museo

a) Visitas con guías, previa concertación, por grupos b) Sesiones pedagógicas para grupos escolares c) Servicio de biblioteca especializada d) Asesoramiento a profesionales y estudiantes e) Charlas y diaporamas en centros de enseñanza, entidades culturales y ciudadanas f) Préstamo de material audiovisual y cajas didácticas g) Celebración de jornadas y cursillos.