Receptor de la documentación histórica de la provincia, su nucleo inicial y preferente son los protocolos notariales de más de cien años de antigüedad.

Aunque venía funcionando de manera provisional desde 1972 en unos locales cedidos en la planta baja de la Diputación Provincial, no sería hasta 1975 cuando se creara de manera oficial.

Agotada pronto su capacidad de recogida de fondos, el Ministerio de Cultura adquirió en 1980, como nueva sede, la conocida como Casa de las Cadenas. En mayo de 1987 el Archivo pudo trasladarse a este edificio. En la actualidad se rige por el Convenio de Colaboración entre el Ministerio de Cultura y la Junta de Andalucía de 21 de mayo de 1994. En ese mismo año fueron integrados plenamente en el Sistema Andaluz de Archivos.