La Cofradía se fundió en Febrero de 1796. En sus filas han formado numerosas personalidades y tiene privilegios como bulas papales, o la anudación del cíngulo con tres nudos como privilegio papal en recuerdo de las tres horas que estuvo Cristo en la Cruz.

Antes de fundarse la cofradía, al Crucificado se le rendía culto con el sermón de las tres horas y en el momento de la Expiración era rodeado el Altar de Cultos por todos los asociados pro-cofradía.

Hermanos mayores honorarios han sido, entre otros, Carlos IV, Alfonso XIII y Enrique Varela, Marqués de San Fernando.