Esta hermandad nació en Noviembre de 1956, por deseo de un grupo de antiguos alumnos del Patronato Católico Nuestra Señora de la Merced, que existía en la calle Ponce número 19, venerando el momento de la crucifixión de Cristo.

Vinculada desde su origen a la Archicofradía del Niño Jesús que radicaba en dicho Patronato Católico desde Febrero de 1960, en que se autorizó la desmembración. Sus primitivos estatutos son de marzo de 1957. Sus actuales reglas son de marzo de 1977.