Foto: © José Mª. Collantes González Puerta Principal

La nueva edificación se lleva a cabo por Antón Martín Calafate, que recibe las obras en 1647 y utiliza en su construcción los restos de la iglesia antigua -muros exteriores, ábside y capillas-, que todavía conservaba en su planta. A partir de 1659 es el maestro mayor de la ciudad, Francisco de Guindos, quien se hace cargo de la obra, inaugurando el templo ya reconstruido, aunque no definitivamente terminado, en 1671. Las obras concluyeron en 1691.

Es en esta segunda etapa de la construcción de la iglesia cuando se levantan las bóvedas de crucería y se abren alguna de las capillas, como la de las Animas o la Sacristía Mayor, entre otras. También es por esta misma época cuando se abre la puerta lateral o del crucero, llamada Puerta del Sol,(que actualmente es la principal), con elementos barrocos y platerescos.