Se funda en el año 1930, en la Iglesia Mayor Prioral, para el culto a un crucificado que se encontraba en el Castillo de San Marcos.

Creada como filial de la Hermandad del Nazareno, a los dos años se independiza y coloca sus titulares en capilla propia de la citada Iglesia Mayor.

En los años 40 del siglo XX, la Hermandad tiene que hacer frente a la obligación de desprenderse de su imagen titular, reclamada por sus propietarios la comunidad de Franciscanos Menores de Castilla.

Ello dio lugar a la redacción de nuevos estatutos y la realización de una nueva talla del Cristo de la Misericordia, la que actualmente procesiona.