Sea cual fuere la causa inmediata de la explosión, hoy día es poco discutible que la tragedia fue consecuencia de la irresponsabilidad y negligencia de algunos altos mandos militares que permitieron el depósito de miles de minas en un gigantesco arsenal situado junto a la población civil. Este arsenal pertenecía a la Base de Defensas Submarinas, y era popularmente conocido como el "Depósito de Torpedos". Estaba situado en lo que hoy día es el Instituto Hidrográfico, y albergaba todo tipo de armamento naval. La munición que estalló fue cerca de un millar de cargas de profundidad, al parecer de origen soviético y capturadas durante la Guerra Civil.

El interés del régimen por silenciar el suceso dio lugar a numerosas especulaciones sobre la causa inmediata de la detonación: mal estado de las cargas, experimentación nuclear o química, exudación de las minas, unos chatarreros, un golpe casual, el sabotaje de algún grupo de oposición al régimen franquista, o simplemente el calor del verano. La BBC británica habló de técnicos nazis. El diario "Mundo Obrero" del Partido Comunista hablaba de un "nuevo crimen del régimen" que había ocasionado 5000 muertos.