Detalle de las fortificaciones construídas en el siglo XVII, que en la actualidad ya no se conservan

En 1587 el pirata inglés Drake ya había utilizado esta estrategia, siendo rechazado en el puente de Zuazo, pero en el gran asalto de 1596, el puente estaba cortado por su arco central y los ingleses asediaron el Castillo de San Romualdo. Se observó muy pronto cómo este castillo (Convento fortificado y de residencia señorial) podía aportar al puente poca protección por su lejanía. Hubo algún ingeniero militar que llegó a proponer desmontar el castillo y levantar con sus materiales las defensas que necesitaba el puente.

Si bien este proyecto no prosperó, sí se acometió decididamente la conclusión de las calzadas de acceso y de un baluarte por el lado de la isla que tendrán efectividad en combates posteriores. Nuevas remodelaciones del puente a partir del siglo XVII se encuentran en el Archivo de Simancas. Son cartas al Rey solicitando su reconstrucción. La primera de ellas del Duque de Medina Sidonia en donde se mandan instrucciones al ingeniero y militar Cristóbal de Rojas. Continúa la correspondencia entre el Duque y el Rey durante los primeros años del siglo y en ésta aparecen los informes de la inspección de Tiburcio Espanochi donde comenta la remodelación de los pretiles y la construcción de una torre. Dos años más tarde el Duque propone para las obras, además del ingeniero Rojas, a "Ginés Martín de Aranda" que había trabajado previamente en las obras de la Catedral de Cádiz. En 1607 se firma un Decreto en Madrid autorizando que se reanuden las obras.