Foto: © José Mª. Collantes González Panorámica general del Puente Zuazo. En esta toma, que coincide con la perspectiva de la ilustración anterior, se observa su integridad con respecto a los diseños del siglo XVI

Más tarde, dentro del proyecto de reformas defensivas gaditanas encomendado a Calvi, se encargan de la realización material dos hermanos vascos, apellidados Guillisasti, que trabajan efectivamente en el puente durante toda la segunda mitad del siglo.

La problemática reconstructiva del puente va ligada a la de su defensa, ya que si tenía importancia asegurar la comunicación con tierra firme, tampoco podía olvidarse que de su dominio dependía el auxilio de Cádiz ante los ataques navales. Primero las incursiones de los piratas norteafricanos y luego las de los ingleses, obligan a que la corona realice durante todo el siglo XVI y los siguientes considerables gastos de fortificación que han convertido a las islas en uno de los conjuntos defensivos modernos más impresionantes del mundo

Entre las incursiones de los ingleses destaca la de 1596, cuando la ciudad de Cádiz fue saqueada y destruída íntegramente por las tropas del conde Essex. El mecanismo de este asalto, al igual que otros anteriores y posteriores fue muy similar: las tropas atacantes ocupaban con sus naves el interior de la bahía, apresando los mercantes que encontrasen y tomaban tierra por el Castillo de Puntales, dividiéndose aquí un cuerpo de ejército hacia la ciudad y otro hacia la isla de León para cortar las comunicaciones.