Esta sección está compuesta por fondos fundamentalmente de pintura, conformando una de las grandes colecciones que podemos encontrar en España por la calidad y número de artistas y escuelas representados. El origen, como ocurre en otros museos, se remonta a la Desamortización de los bienes de la Iglesia llevada a cabo por Mendizábal en 1836.

La Real Academia de Bellas Artes fue artífice el buen número de cuadros que fue el germen del museo, aunque no pudo impedir el expolio de seis cuadros de Zurbarán procedentes de la Cartuja de Jerez y que salieron a diversos museos europeos y americanos.

Poco a poco, a lo largo de los años, el Museo de Cádiz ha visto incrementar sus fondos con obras procedentes de depósitos, cesiones del Ayuntamiento y Diputación, cesión por parte del Estado de diversos cuadros del Antiguo Museo de la Trinidad, donaciones y legados como los del Almirante Lozano, Abarzuza, Godoy, Siravegene, Martínez de Pinillos, etc.

Las diversas vicisitudes que ha sufrido el Museo, numerosísimas obras y proyectos a lo largo de un siglo, han motivado que no siempre estuviesen disponibles los fondos para la visita del público. En la actualidad, es posible acceder a una muestra cronológica de las colecciones del Museo con los fondos y artistas más representativos o de mayor calidad.

• Sala 8: Zurbarán
• Sala 9: Murillo
• Sala 10: Pintura barroca extranjera
• Sala 11: Neoclasicismo y Romanticismo
• Sala 12: Retratos
• Sala 13: Pintura del siglo XVI
• Sala 14: Pintura de historia y costumbrista
• Sala 15: Pintura del siglo XX