El Museo se distribuye en torno a un gran patio central que ordena la visita, sirviendo además como centro de acogida, descanso e iluminación. La planta baja acoge las secciones de arqueología y numismática.

Vista de una de las salas de la Sección de Arqueología

Los fondos arqueológicos se distribuyen en salas ordenadas por criterios cronológicos: Prehistoria, Colonizaciones, Necrópolis Romana, Estatuaria, Comercio, la Casa Romana, Urbanismo y ciudades y una pequeña muestra de arte paleocristiano y visigodo. Esta distribución y la cuidada selección de los materiales expuestos permite una visita agradable, instructiva y clara.

Los materiales, en bastantes casos claramente excepcionales, ponen de relieve la importancia histórica de la provincia de Cádiz, sobre todo en el milenio que cubre los siglos VI a.C.-IV d.C, periodo éste en el que la ciudad de Cádiz es conocida en todo el mundo antiguo por su pujanza económica y por su poderío comercial, sólo en parte recobrado en el siglo XVIII.