De la Capilla del Bautismo destacan su bóveda elíptica renacentista y la hermosa portada del mismo estilo que abre el trascoro, con asomos del barroco. La bóveda ciega una escalera de caracol que asciende a la cubierta de la iglesia. El conjunto de la capilla se cierra por una reja de hierro (1739) que en su remate lleva el estudio de sus fundadores, los Andinos. Sobre el retablo de Andrés de Ocampo, el cuadro de la Virgen de Belén, atribuído a Alonso Cano.

Capilla de las Nieves

La Capilla de las Nieves, también llamada capilla de la antigua, fue fundada como sagrario y enterramiento por el vicario Gamaza en 1512. En 1750 fue panteón de scerdotes bajo el patrocinio de la Hermandad de San Pedro Ad Vincula. Su retablo barroco es obra de Mathias José Navarro, en 1741. En el centro, el camarín de la Patrona de la ciudad, la virgen de las Nieves, imagen de candelero cuya faz se enmarca con un rastrillo de encaje blanco con pedrería y cristales. El traje y el manto blanco llevan magníficos bordados en oro. Una aureola de plata sobredorada bordea el cuerpo; se cubre con una magnífica corona del mismo material y lleva un cetro en la mano derecha. A los pies, la característica media luna con estrellas en sus puntas, y debajo la peana del mismo material y estilo. A la izquierda de la reja dieciochesca, podemos ver un cuadro de la purísima atribuído a Francisco Ricci, entre 1670 y 1676. La capilla es gótica a pesar de estar construída en pleno siglo XVI por deseo de su fundador. En los nudos de crucería de la bóveda, florines, lazos y escudos de linaje.

La Capilla del Rosario comunica por un arco con la capilla de las Nieves desde 1644. Los laterales están adornados con pinturas atribuídas a Juan de Lohaiza de mediados del siglo XVIII.