Hasta el año 1635 no se encuentran nuevas referencias dignas de mención. Se sabe que las obras quedaron paralizadas hasta esa fecha en que una nueva carta al Rey del Duque de Medina Sidonia pide que "se acceda al reparo del vallado de la Puente de Zuazo". Dos años más tarde el "Aparejador y Maestro Mayor" de las obras es Juan Román de Arellano. En esta ocasión se trata la reconstrucción de los arcos y un nuevo empredrado en función de intereses navales (paso forzoso de los navíos de la Armada Real para sus reparaciones en La Carraca).

El último documento referente a remodelaciones del Puente del siglo XVII es del Marqués de Bayona. En este caso se plantea un ambicioso proyecto que pretendía convertirlo en puente levadizo. Quedó anulado por decreto el mismo año en que se formuló.